1.2 Работа в информационной системе для регулируемых организаций (и их подключение) является платной?

Нет, это бесплатная услуга. Для использования системы необходимо лишь наличие электронной подписи (ЭП). Как правило, электронная подпись уже имеется у большинства регулируемых организаций, т.к. они в том числе предоставляют информацию в ФАС России (например, по Форме 46) и другие ведомства.
Где организация может получить ЭП описано здесь. Техническая поддержка для регулируемых организаций также является бесплатной.

Платными могут являться лишь дополнительные услуги (например, запрос регулируемой организации у разработчика дополнительного аналитического отчета для собственного пользования).